Το NΝΠ λειτουργεί ως Παράρτημα του Ναυτικού Νοσοκομείου Αθηνών.

Είναι το πρώτο Ναυτικό Νοσοκομείο του Πολεμικού Ναυτικού.

Ιδρύθηκε το 1869 και στεγάσθηκε σε κτίριο της περιοχής του Τελωνείου έως το 1890 οπότε και ο εξοπλισμός του μεταφέρθηκε στο τότε νεοϊδρυθέν Νοσοκομείο του Πολεμικού Ναυστάθμου της Σαλαμίνος.

Διευθυντής επί πολλά χρόνια διατέλεσε ο Αρχίατρος Όθων Σωνιέρος.

Το 1895 η βασίλισσα Όλγα αγόρασε από την Εθνική Τράπεζα της Ελλάδος την έπαυλη Μελετοπούλου με σκοπό την δημιουργία νοσηλευτικού ιδρύματος για την περίθαλψη των πληρωμάτων του Ρωσικού στόλου, όταν αυτός ναυλοχούσε στον Πειραιά.

Το ίδρυμα αυτό ήταν ανοικτό για νοσηλεία σε στελέχη του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού σε κατοίκους του Πειραιά και σε ιδιώτες της ρωσικής παροικίας.

Τα πρώτα χρόνια της λειτουργίας στο επιστημονικό και νοσηλευτικό προσωπικό κυριαρχούσαν μέλη της ρωσικής παροικίας αλλά και ρωσομαθείς ιατροί όπως ο Καποδίστριας και ο Ιμπρίαλος.

Στη υπάρχουσα έπαυλη προστέθηκε ένας ακόμη όροφος ενώ στον περίβολο ανηγέρθη Ιερός Ναός της Ρωσικής Παροικίας. Τοποθετήθηκε δε επιβλητικό άγαλμα του Ιησού.

Το 1914-1920 λειτούργησε στην ακτή Ξαβιερίου το νέο Ναυτικό Νοσοκομείο δυναμικότητας 30-40 κλινών.

Η προσφορά του Νοσοκομείου κατά την περίοδο των Βαλκανικών πολέμων της Μικρασιατικής εκστρατείας ήταν σημαντική.

Το 1925 οι καθεστωτικές αλλαγές τόσο στην Ελλάδα όσο και στη Ρωσία οδήγησαν στην απαλλοτρίωση του Νοσοκομείου και την υπαγωγή του στις τάξεις του Πολεμικού Ναυτικού το δε νομοθετικό διάταγμα της απαλλοτρίωσης το υπέγραψε ο ίδιος ο Πρόεδρος της Δημοκρατίας ο Ναύαρχος Κουντουριώτης. Την 9 Νοεμβρίου του 1925 εκδόθηκε διάταγμα για την μετατροπή του σε νοσοκομείο του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού με ημερομηνία αναδρομική (προγενέστερη δηλαδή του διατάγματος) ορίζοντας την 25η Μαρτίου του 1924 ως ημερομηνία στην οποία το Πολεμικό Ναυτικό είναι αρμόδιο για την λειτουργία του.
Μερικά στοιχεία για να καταλάβουμε τη συμβολή του νοσοκομείου αυτού, στην υγειονομική κάλυψη του Πειραιά είναι και τα παρακάτω:
Κατά το διάστημα 1902-1923 νοσηλεύτηκαν 5.399 ασθενείς.
Κατά το διάστημα 1904-1925 παρασχέθηκε ιατρική βοήθεια σε 924.091 ασθενείς.
Η πρώτη συμμετοχή στρατιωτικού Νοσοκομείου στον πόλεμο του 1940 ήταν αυτή του ΝΝΠ με την νοσηλεία στις 16-8-1940 τραυματιών από τον άνανδρο τορπιλισμό της «ΕΛΛΗΣ». Με την κήρυξη του πολέμου και την έναρξη εχθροπραξιών στο αλβανικό μέτωπο προστίθεται διά επιτάξεως η χειρουργική πτέρυγα του Τζανείου Νοσοκομείου.

Αργότερα με τους βομβαρδισμούς του Πειραιά μεταφέρθηκε στο κτίριο της Γερμανικής Σχολής στην Αθήνα μετέπειτα σε σχολείο της οδού Λιοσίων και στο κτίριο του Νοσοκομείου «Ελπίς».

Τόσο κατά την διάρκεια της κατοχής όσο και του εμφυλίου πολέμου το κτίριο χρησιμοποιήθηκε για αλλότριες χρήσεις. Μετά από το εμφύλιο πόλεμο παρελήφθη από την Υγειονομική Υπηρεσία του Πολεμικού Ναυτικού και συνέχισε απρόσκοπτα την προσφορά του έως τους σεισμούς του Φεβρουαρίου του 1981, που το έπληξαν και σταμάτησε την λειτουργία του.

Στις επιστημονικές πρωτοπορίες του ΝΝΠ συγκαταλέγεται το γεγονός ότι στο Νοσοκομείο έγινε η πρώτη ακτινογραφία σε πολεμικό τραύμα στον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο και ίσως από τις πρώτες παγκοσμίως.

Το Ναυτικό Νοσοκομείο Πειραιά ήταν από τα πρώτα νοσοκομεία που είχαν ηλεκτροκαρδιογράφο.

Έως το 1981 το κτίριο υπέστη σημαντικές καταστροφές από τον σεισμό που έπληξε το λεκανοπέδιο τις Αττικής και το Νοσοκομείο σταμάτησε να λειτουργεί. Το 1985 το κτίριο ανακαινίστηκε και επαναλειτούργησε
Το 2001 με πρωτοβουλία του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού, το κτίριο ανακαινίστηκε εκ νέου εκσυγχρονίστηκε και επαναλειτούργησε και λειτουργεί έως σήμερα ως Ναυτικό Νοσοκομείο Πειραιά (Ν.Ν.Π) – Παράρτημα του Ναυτικού Νοσοκομείου Αθηνών (Ν.Ν.Α).