Σκοπός λειτουργίας του υποκαταστήματος Στρατιωτικού Φαρμακείου στο Ναυτικό Νοσοκομείο Αθηνών αποτελεί η εξυπηρέτηση όλων των δικαιούχων. 

Το ΥΣΦ/ΝΝΑ (πρώην Φαρμακείο Π.Ο.Ν.) στεγάζεται στο δεύτερο όροφο του Ναυτικού Νοσοκομείου Αθηνών και λειτουργεί με τη σημερινή του μορφή από το 1995.

Το Φαρμακείο στελεχώνεται από εξειδικευμένο προσωπικό αποτελούμενο από Αξιωματικούς Φαρμακοποιούς και Υπαξιωματικούς Βοηθούς Φαρμακείου, οι οποίοι με συνέπεια και επίγνωση του καθήκοντος τους επιτελούν τη Φαρμακευτική Πράξη.

Από το ΥΣΦ/ΝΝΑ διατίθενται φάρμακα και συναφή προϊόντα στους δικαιούχους.