Στο ΝΝΑ λειτουργεί από το 2017 η Μονάδα Ιατρικώς Υποβοηθούμενης Αναπαραγωγής του Ναυτικού Νοσοκομείου Αθηνών (ΜΙΥΑ/ΝΝΑ), η οποία χαρακτηρίζεται από το μεγάλο της κοινωνικό ρόλο και την προσφορά δωρεάν εξειδικευμένων υπηρεσιών Ιατρικώς Υποβοηθούμενης Αναπαραγωγής (συμπεριλαμβανόμενης της θεραπείας μέσω Εξωσωματικής Γονιμοποίησης), με επιτυχία και ασφάλεια.  στο σύνολο του προσωπικού των Ενόπλων Δυνάμεων (Στρατός Ξηράς, Πολεμικό Ναυτικό, Πολεμική Αεροπορία) και των Σωμάτων Ασφαλείας (Ελληνική Αστυνομία, Λιμενικό Σώμα, Πυροσβεστικό Σώμα), αλλά και στους δικαιούχους των ακριτικών νησιών.

Στεγάζεται σε ειδική πτέρυγα του ΝΝΑ, σε εγκαταστάσεις με δική της είσοδο, ώστε να διασφαλίζεται η εχεμύθεια και η αξιοπρέπεια των δικαιούχων. Υπάγεται διοικητικά στη δομή, οργάνωση και λειτουργία του ΝΝΑ, με διακλαδική στελέχωση και διακλαδική παροχή υπηρεσιών υγείας. 

Η οργάνωση και η λειτουργία της ΜΙΥΑ είναι σύμφωνες με την ισχύουσα νομοθεσία. Με την διάταξη του ν. 3305/2005 και του π.δ. 10/2016, λειτουργεί με ανανεωμένη άδεια από την ΕΑΙΥΑ και ετησίως λαμβάνει πιστοποίηση ISO σύμφωνα με ΕΝ 15224 από την TUV HELLAS.